La emergencia de variantes sigue representando una amenaza para la salud pública global, a pesar de las campañas de inmunización a gran escala en todo el mundo. En este documento, presentamos un modelo estructurado por genotipos de dinámicas virales infecciosas y evolutivas. Calibramos el modelo utilizando las estimaciones disponibles para los parámetros de infección por SARS-CoV-2 y lo utilizamos para estudiar las condiciones que conducen a la emergencia de variantes que escapan al sistema inmunológico. En particular, demostramos que la emergencia de variantes altamente replicativas o que escapan al sistema inmunológico podría prolongar la duración de la infección, mientras que la aparición de variantes que son tanto altamente replicativas como que escapan al sistema inmunológico podría provocar un rebote de la infección. Luego, mostramos que la alta frecuencia de mutación aumenta las posibilidades de la emergencia de variantes, lo que promueve la persistencia del virus. Además, las simulaciones sugieren que una débil neutralización por parte de los anticuerpos podría ejercer una presión selectiva que favorece el desarrollo de variantes agresivas. Estos resultados pueden ayudar a los funcionarios de salud pública a identificar y aislar a los pacientes de donde surgen las nuevas variantes, lo que haría que los esfuerzos de vigilancia genómica sean más eficientes.