El modelado dinámico de la interfaz de la junta es crítico para el análisis de rendimiento de estructuras unidas por pernos. En este trabajo, se presentó un método de modelado equivalente para modelar la rotación relativa de la interfaz de la junta en estructuras de vigas unidas por pernos. Dado que la vibración transversal de la estructura estudiada está estrechamente relacionada con la rotación de la junta, lo cual es diferente de estudios anteriores que se centraron en el deslizamiento tangencial de la interfaz de la junta, se utiliza el modelo de Valanis para modelar la rotación relativa de la junta. Además, se consideraron la deformación por corte y la inercia rotacional de la viga en el modelado, utilizando un método de elementos finitos que empleó elementos de viga de Timoshenko. Los parámetros del modelo de Valanis se determinaron ajustando una serie de bucles de histéresis obtenidos del análisis no lineal transitorio de un modelo FEM 3D. Los resultados muestran que el método de modelado equivalente propuesto puede simular con precisión la respuesta dinámica y la disipación de la estructura de viga unida con una eficiencia computacional significativamente alta. Los errores máximos de la amplitud de respuesta dinámica y la disipación de energía son del 5.5% y del 8.3%.