La vegetación dependiente de aguas subterráneas (VDAS) está amenazada a nivel mundial por la extracción de aguas subterráneas. Los gestores de recursos hídricos requieren mapas que muestren su distribución y preferencias de hábitat para tomar decisiones informadas sobre su protección. Este estudio, realizado en la región sureste de Pilbara en Australia Occidental, presenta un enfoque novedoso basado en métricas que resumen la fenología estacional (fenométricas) derivadas de imágenes de Sentinel-2. También determinamos el hábitat preferencial utilizando modelado de nicho ecológico basado en sistemas de tierras y derivados topográficos. Las fenométricas y los modelos de hábitat preferencial se combinaron utilizando un marco que permite expresar diferentes niveles de incertidumbre. La fenométrica de gran integral (FGI) fue capaz de discriminar la VDAS y redujo el espacio de búsqueda a 111 ha (<1%), requiriendo un monitoreo posterior. El hábitat adecuado podría explicarse por una combinación de sistemas de tierras y posiciones topográficas negativas (por ejemplo, valles). Esto designó el 13% del área de estudio como que requiere protección contra la amenaza de incendios forestales intensos, especies invasoras, desmonte y otras perturbaciones. La alta incertidumbre representa ubicaciones donde la VDAS parece estar ausente pero el hábitat es adecuado y requiere una evaluación de campo adicional. La incertidumbre fue más baja en ubicaciones donde el hábitat es altamente inadecuado (87%) y requiere visitas poco frecuentes. Nuestros resultados proporcionan inteligencia geoespacial oportuna que ilustra lo que necesita ser monitoreado, protegido y revisitado por los gestores de recursos hídricos.