Este estudio exploró simulaciones de modelos hidrodinámicos numéricos bidimensionales (2D) del Lago Victoria. Se desarrollaron varios métodos en Matlab para construir la topografía del lago. Se combinaron antiguos sondeos de profundidad tomados en partes más pequeñas del lago con datos más recientes y extensos para producir un modelo topográfico suave. El modelo numérico de la superficie libre del lago en el software COMSOL Multiphysics (CM) se implementó utilizando batimetría y ecuaciones de agua poco profundas 2D integradas verticalmente. Validado por mediciones del nivel medio del agua del lago, el modelo predijo velocidades de flujo medio muy bajas y, por lo tanto, estuvo cerca de ser lineal e invariante en el tiempo, permitiendo simulaciones a largo plazo con datos de entrada filtrados de paso bajo. Una condición de contorno de salida permitió una simulación precisa para alcanzar el nivel de estado estacionario del lago. La precisión numérica de la medición lineal del nivel del agua del lago fue excelente.