Modelar el flujo y transporte en medios porosos requiere la gestión de complejidades relacionadas tanto con los procesos físicos como con la heterogeneidad subsuperficial. Un enfoque exhaustivo necesita un gran número de parámetros fenomenológicos distribuidos espacialmente, que rara vez se miden en el campo. Por ejemplo, modelar un acuífero freático bajo tasas altas de extracción de agua es muy desafiante, porque requiere la simulación de un flujo variablemente saturado. El flujo de agua subterránea en 3D se modela con (otro modelo de flujo de agua subterránea), un modelo basado en un esquema conservativo de diferencias finitas e implementado en un código de computadora desarrollado en Fortran90. También simula la presencia de celdas parcialmente saturadas o secas. El algoritmo propuesto y otros métodos alternativos desarrollados para gestionar celdas secas en el caso de acuíferos agotados son analizados y comparados con una prueba simple. Diferentes enfoques producen diferentes soluciones, entre las cuales no es posible seleccionar la mejor en base a argumentos físicos. Una posible ventaja es que no se necesita ningún parámetro no físico adicional para superar las dificultades numéricas que surgen al manejar celdas drenadas. También incluye un módulo que permite identificar el campo de conductividad para un acuífero freático resolviendo un problema inverso con el método del modelo de comparación.