El barrenador de la caña de azúcar Diatraea saccharalis (Lepidoptera: Crambidae) ha sido controlado por Cotesia flavipes (Hymenoptera: Braconidae); sin embargo, se conoce muy poco sobre el efecto del parasitismo en los órganos hospedadores, incluyendo el intestino medio. Este trabajo busca verificar la alteración mitocondrial en las diferentes células epiteliales del intestino medio de D. saccharalis parasitadas por C. flavipes. Fragmentos del intestino medio (región anterior y posterior) de larvas parasitadas y no parasitadas se procesaron para microscopía electrónica de transmisión. Las mitocondrias de las células epiteliales del intestino medio en las larvas parasitadas presentan alteración morfológica, representada por rarefacción de la matriz y vacuolización. Estas alteraciones mitocondriales son más pronunciadas en la región anterior del intestino medio durante el proceso de parasitismo, principalmente en la célula columnar.