Aunque se ha propuesto que la función mitocondrial deteriorada es una característica distintiva de la esclerosis múltiple (EM), pocos estudios se centran en las mitocondrias de las células inmunitarias. Nuestro objetivo fue comparar la función mitocondrial de las células mononucleares de sangre periférica (PBMC) de pacientes con EM con (M+) y sin (M-) bandas de inmunoglobulina M oligoclonales específicas de lípidos (LS-OCMB), y donantes sanos (HD). Realizamos un estudio exploratorio transversal con 19 pacientes con EM no tratados (M+ = 9 y M- = 10) y 17 HD. La producción de aniones superóxido y la masa mitocondrial en las PBMC se evaluaron sin y con fitohemaglutinina mediante citometría de flujo. La función mitocondrial de las PBMC se analizó utilizando tecnología Seahorse. La producción de aniones superóxido corregida por la masa mitocondrial fue mayor en pacientes con EM en comparación con los HD (p = 0.011). La función mitocondrial de los pacientes M+ mostró algunas alteraciones en comparación con los pacientes M-. Sin estímulo, observamos una mayor fuga de protones (p = 0.041) pero una menor eficiencia de acoplamiento (p = 0.041) en pacientes M+; y bajo estimulación, un menor potencial metabólico ECAR (p = 0.011) y un menor OCR/ECAR estresado en los mismos pacientes. Exclusivamente entre los pacientes M+, describimos una mayor disfunción mitocondrial en los más ancianos. Las alteraciones mitocondriales encontradas en las PBMC de pacientes con EM, específicamente en pacientes M+, podrían ayudar a comprender mejor la fisiopatología de la enfermedad.