Los exoesqueletos (conchas) ayudan a los moluscos a crecer y sobrevivir, pero cómo se controla su formación aún no se comprende bien. Estudiamos un pequeño RNA regulador, miR-2c, en la ostra perlera y encontramos que actúa como un interruptor clave que vincula la señalización hormonal con la construcción de la concha. El miR-2c es más activo en el borde del manto y durante las primeras etapas larvales. Cuando aumentamos el miR-2c in vivo, el crecimiento de cristales en las capas prismática y nacarada se volvió anormal; cuando lo bloqueamos, la reparación de la concha cambió. Los ensayos de laboratorio mostraron que el miR-2c se une directamente a los ARN mensajeros del receptor de ecdisona y del receptor X de retinoides, así como al factor de transcripción Runt, y reduce la actividad de los genes relacionados con la concha, como la quitina sintasa. También encontramos sitios de unión conservados para el miR-2c en estos objetivos a través de especies, lo que sugiere un sistema de control compartido evolutivamente para la formación del exoesqueleto. En conjunto, nuestros resultados indican que el miR-2c coordina la señalización de ecdisona y los genes de biomineralización para regular el crecimiento de la concha. Estos hallazgos proporcionan biomarcadores y objetivos candidatos para estrategias de cría o manejo destinadas a mejorar la calidad y la resistencia de la concha/perla en la acuicultura.