Bajo condiciones de estrés en jaulas, se han observado severas interrupciones en la función de la barrera intestinal de los patos, lo que afecta negativamente el rendimiento económico. Los miARNs juegan un papel crucial en los procesos celulares, pero los mecanismos subyacentes a su participación en la reparación del daño inducido por estrés oxidativo en las barreras intestinales de los patos no han sido elucidado. Realizamos secuenciación de miARN y secuenciación de etiquetado por masas en tándem de proteínas (TMT) e identificamos miARNs y proteínas expresados diferencialmente en patos tratados con estrés oxidativo. Experimentos con vectores reporteros de luciferasa dual, RT-qPCR y Western blot revelaron el papel regulador de apla-miR-106a-5p/MAP3K2 en la reparación del daño de la barrera intestinal. Los resultados mostraron que el estrés oxidativo llevó a vellosidades acortadas y criptas profundas, perjudicando la función inmune intestinal. La downregulación significativa de apla-miR-106a-5p fue revelada por la secuenciación de miARN, y la inhibición de su expresión no solo mejoró la viabilidad celular, sino que también mejoró la función de la barrera intestinal. La secuenciación de proteínas TMT reveló la sobreexpresión de MAP3K2 en los intestinos de patos estresados en jaulas, y el análisis por software confirmó como el gen objetivo de apla-miR-106a-5p. Experimentos con genes reporteros de fluorescencia dual demostraron la diana directa de apla-miR-106a-5p. RT-qPCR no mostró efecto en la expresión, mientras que el análisis de Western blot indicó que la expresión de la proteína MAP3K2 estaba suprimida. En resumen, apla-miR-106a-5p diana, regulando la expresión génica a nivel transcripcional y facilitando la reparación efectiva del daño de la barrera intestinal. Este descubrimiento proporciona nuevas perspectivas sobre los mecanismos moleculares del daño fisiológico en patos bajo estrés en jaulas, ofreciendo una valiosa guía para investigaciones relacionadas.