El estrés abiótico es un factor limitante importante en el crecimiento y rendimiento de los cultivos en todo el mundo. Debido a la continua erosión genética del germoplasma del algodón de tierras altas debido a una intensa selección e endogamia, la atención se ha desplazado hacia los progenitores silvestres del algodón que ofrecen rasgos únicos que pueden ser introgresados en el algodón cultivado para mejorar su rendimiento genético. El propósito de este estudio fue caracterizar la familia de genes Pkinase en un mapa genético previamente desarrollado de la población F derivada de un cruce entre dos especies de algodón: (CCRI 12-4) y (5-7). Según el análisis filogenético, Pkinase (PF00069) resultó ser el dominio dominante con 151 genes en tres especies de algodón, categorizados en 13 subfamilias. El análisis de la estructura de los genes mostró que un mayor porcentaje de genes y sus exones estaban altamente conservados dentro del grupo. El análisis sinténico de los bloques de genes reveló 99 genes duplicados entre y . La mayoría de los genes se duplicaron en un patrón segmentario. El análisis del patrón de expresión mostró que la familia de genes Pkinase presentaba variación a nivel de especies en la inducción a la salinidad y tenía niveles de expresión más altos en comparación con . Basándonos en el análisis de secuencias de ARN y la verificación preliminar de RT-qPCR, hipotetizamos que la familia de genes Pkinase, regulada por factores de transcripción (FTs) y miARNs, podría desempeñar un papel clave en la tolerancia al estrés por salinidad. Estos hallazgos proporcionaron información integral sobre la posible estructura y función de la familia de genes Pkinase en el algodón bajo estrés por salinidad.