Minería de datos de expresión génica sensible al nitrógeno para relaciones fuente-sumidero e indicadores del estado de N en la papa
Autores: Parenteau, Mia T.; Gu, Hong; Zebarth, Bernie J.; Cambouris, Athyna N.; Lafond, Jean; Nelson, Alison; Nyiraneza, Judith; Davidson, Charlotte; Lagüe, Martin; Galvez, José Héctor; Strömvik, Martina V.; Tai, Helen H.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2020
Acceso abierto
Artículo científico
2020
Minería de datos de expresión génica sensible al nitrógeno para relaciones fuente-sumidero e indicadores del estado de N en la papa
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Patata
Nitrógeno
Expresión génica
Rendimiento
Tuberización
Biosíntesis de aminoácidos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 22
Citaciones: Sin citaciones
Los rendimientos de tubérculos de patata dependen del suministro de nitrógeno (N), que afecta a las relaciones fuente-sumidero. La secuenciación del transcriptoma de la fuente foliar utilizando un solo ensayo de campo identificó la expresión génica sensible a 180 kg N ha. La expresión de genes sensibles al N fue analizada en la siguiente etapa utilizando un NanoString nCounter en un número ampliado de muestras foliares de siete ensayos de campo con diferentes tasas de N, sitios y cultivares. Se construyeron modelos de regresión LASSO de expresión génica predictiva de rendimiento, absorción total de N de la planta y gravedad específica del tubérculo (proxy para materia seca). Los genes en el modelo LASSO para el rendimiento estaban asociados con la partición fuente-sumidero. Se encontró un gen clave que regula la tuberización y senescencia en el modelo LASSO que predice el rendimiento del tubérculo, pero no en los otros modelos. Se encontró una aminotransferasa involucrada en la asimilación de N fotorespiratoria y la biosíntesis de aminoácidos en todos los modelos LASSO. Otros genes que funcionan en la biosíntesis de aminoácidos e integración de azufre (S) y metabolismo de N también se encontraron en el modelo de predicción de rendimiento. El estudio proporciona información sobre las respuestas de N en el follaje de las plantas de patata que afectan a la partición fuente-sumidero. Además, los genes sensibles al N predictivos del rendimiento son indicadores candidatos del estado de N.
Descripción
Los rendimientos de tubérculos de patata dependen del suministro de nitrógeno (N), que afecta a las relaciones fuente-sumidero. La secuenciación del transcriptoma de la fuente foliar utilizando un solo ensayo de campo identificó la expresión génica sensible a 180 kg N ha. La expresión de genes sensibles al N fue analizada en la siguiente etapa utilizando un NanoString nCounter en un número ampliado de muestras foliares de siete ensayos de campo con diferentes tasas de N, sitios y cultivares. Se construyeron modelos de regresión LASSO de expresión génica predictiva de rendimiento, absorción total de N de la planta y gravedad específica del tubérculo (proxy para materia seca). Los genes en el modelo LASSO para el rendimiento estaban asociados con la partición fuente-sumidero. Se encontró un gen clave que regula la tuberización y senescencia en el modelo LASSO que predice el rendimiento del tubérculo, pero no en los otros modelos. Se encontró una aminotransferasa involucrada en la asimilación de N fotorespiratoria y la biosíntesis de aminoácidos en todos los modelos LASSO. Otros genes que funcionan en la biosíntesis de aminoácidos e integración de azufre (S) y metabolismo de N también se encontraron en el modelo de predicción de rendimiento. El estudio proporciona información sobre las respuestas de N en el follaje de las plantas de patata que afectan a la partición fuente-sumidero. Además, los genes sensibles al N predictivos del rendimiento son indicadores candidatos del estado de N.