La ATP sintasa es una enzima clave en la fotofosforilación en la fotosíntesis y en la fosforilación oxidativa en la respiración, que puede catalizar la síntesis de ATP y suministrar energía a los organismos. La ATP sintasa ha sido bien estudiada en muchas especies animales, pero ha sido poco caracterizada en plantas. Esta investigación identificó cuarenta miembros de la familia de ATP sintasa en el árbol de caucho, y se analizaron la relación filogenética, la estructura génica, los elementos cis y el patrón de expresión. Estos resultados indicaron que la ATP sintasa de las mitocondrias se dividió en tres subgrupos y la ATP sintasa de los cloroplastos se dividió en dos subgrupos, respectivamente. La ATP sintasa en el mismo subgrupo compartió una estructura génica similar. Las relaciones evolutivas fueron consistentes con los dominios de intrones y exones, que eran patrones altamente conservados. Un gran número de elementos cis relacionados con la luz, fitohormonas y resistencia al estrés estaban presentes en los promotores de los genes de ATP sintasa en los árboles de caucho, de los cuales la señal de luz representa la mayor parte. El análisis de transcriptoma y qRT-PCR mostró que las HbATP sintasas respondieron al estrés por frío y a la estimulación hormonal, siendo la respuesta al etileno la más significativa. HbMATPR3 fue fuertemente inducida por etileno y ácido salicílico, alcanzando 122 veces y 17 veces, respectivamente. HbMATP7-1 fue 41 veces mayor que el control después de la inducción por ácido jasmónico. Estos resultados sentaron una base para estudios posteriores sobre la función de la ATP sintasa, especialmente en la señalización hormonal de las plantas en los árboles de caucho.