Los microsporidios son parásitos fúngicos que infectan a huéspedes invertebrados y vertebrados, incluidos los humanos. Se sabe que los ratones y las ratas son reservorios de diferentes patógenos, entre ellos, los microsporidios. Estas especies de roedores están distribuidas en todo el mundo, incluidas las Islas Canarias (España), donde no hay información previa sobre estos patógenos en la población de roedores. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue evaluar la presencia de microsporidios en las heces de roedores silvestres de dos islas del archipiélago, La Gomera y Gran Canaria. Este estudio se llevó a cabo utilizando métodos microscópicos y moleculares y confirmó la presencia de microsporidios en ratones y ratas de las Islas Canarias. Específicamente, se detectó una especie responsable de la mayoría de los casos de microsporidiosis humana, siendo la diarrea el síntoma más frecuente, en roedores de ambas islas. Estos hallazgos indican, por primera vez, que los microsporidios se transmiten a través de las heces de roedores en el entorno de las Islas Canarias, lo que puede tener importantes implicaciones para la salud pública.