El besugo de aleta amarilla es un pez marino de importancia económica en China y el sudeste asiático. Actualmente, solo se han aislado algunos repeticiones de secuencia simple (SSR) del genoma. En este estudio, se examinaron y caracterizaron SSRs a nivel genómico por primera vez. Se analizaron la longitud total, la densidad, la frecuencia y la distribución de los SSR. Los exones que contienen SSR se enriquecieron en ontología genética (GO) y KEGG. Se obtuvieron algunos marcadores SSR polimórficos. Estos resultados proporcionaron suficientes datos para programas de cría y evaluaciones genéticas.