La resistencia a herbicidas es una amenaza fitosanitaria emergente, que causa pérdidas graves en el rendimiento y en la economía. Aunque este fenómeno ha sido ampliamente estudiado, solo recientemente se ha considerado el papel de los factores epigenéticos en su ocurrencia. En el presente estudio, analizamos la regulación mediada por microARN en (Vasinger) Vasinger (hierba de agua tardía) de la expresión de citocromos P450, glutatión S-transferasa (GST) y eIF4B, todos ellos son enzimas involucradas en la detoxificación de profoxydim (AURA). Antes y después de la aplicación de profoxydim, se seleccionaron los perfiles de expresión de microARN (miARN) por su capacidad para dirigirse a los genes considerados, y sus objetivos fueron evaluados mediante RT-qPCR. Los biotipos susceptibles y resistentes mostraron diferentes respuestas a este herbicida. Después de la aplicación de profoxydim, en los biotipos resistentes, no se activaron , , , , , , , y , permitiendo la expresión de CYP81A, , y genes y la detoxificación del herbicida. Mientras tanto, la transcripción de , , , y se activó, regulando a la baja la expresión de , , , y . En los biotipos susceptibles, el herbicida estimuló , , , , , y , regulando a la baja sus respectivos genes objetivo (, , , , , y ). Una mejor comprensión del papel de la regulación epigenética mediada por miARN en la resistencia a herbicidas será útil para planificar métodos más específicos y sostenibles para controlar esta amenaza fitosanitaria.