Se creía generalmente que las fuentes de carbón no son favorables como hábitats para microorganismos debido a su naturaleza química recalcitrante y a la descomposición negligible. Sin embargo, la evidencia acumulada ha revelado la presencia de diversos grupos microbianos en entornos de carbón y su papel metabólico significativo en la dinámica biogeoquímica del carbón y el funcionamiento del ecosistema. El alto contenido de oxígeno, las fracciones orgánicas y las estructuras similares a la lignina de los carbones de menor rango pueden proporcionar medios efectivos para el ataque microbiano, representando aún una frontera muy inexplorada en microbiología. La tecnología de degradación/conversión del carbón por especies bacterianas y fúngicas nativas tiene un gran potencial en el desarrollo agrícola, la producción de la industria química y la rehabilitación ambiental. Además, las especies microalgales nativas pueden ofrecer una fuente de energía sostenible y una excelente estrategia de biorremediación aplicable a aguas de derrames/veins de carbón. Adicionalmente, las medidas del destino de la comunidad microbiana servirían como un indicador del progreso de restauración en sitios post-minería de carbón. Esta revisión presenta una visión integral de la biodegradación y bioprocesamiento del carbón por microorganismos nativos de entornos de carbón para determinar su potencial biotecnológico y posibles aplicaciones.