El guisante de jardín (L.) es un cultivo de leguminosas de importancia global. Como otras leguminosas, forma interacciones simbióticas beneficiosas con las bacterias del suelo rhizobia, adquiriendo la capacidad de fijar nitrógeno atmosférico. En los nódulos de guisante, el meristemo es de larga duración y da como resultado la formación de varias zonas histológicas que implican una notable diferenciación de las células huésped infectadas. Sin embargo, los cambios transcripcionales finos que acompañan a la diferenciación aún son desconocidos. En este estudio, utilizando microdisección con láser seguida de análisis de ARN-seq, realizamos un perfil transcriptómico en la zona de infección temprana, zona de infección tardía y zona de fijación de nitrógeno de nódulos de 11 días de la línea silvestre de guisante SGE. Como resultado, se obtuvo una lista de grupos funcionales de genes diferencialmente expresados (DEGs) en diferentes zonas histológicas de los nódulos y una lista de genes con los cambios de expresión más prominentes durante el desarrollo del nódulo. Sus análisis demostraron que la mayor cantidad de DEGs estaba asociada con la zona de fijación de nitrógeno. Entre los genes conocidos que controlan el desarrollo del nódulo, identificamos genes que podrían ser nuevos actores a lo largo de la formación del nódulo. Los genes caracterizados en el guisante fueron comparados con los descritos previamente en otras leguminosas y se discuten sus posibles funciones en el desarrollo del nódulo.