La infertilidad afecta al 8-12% de las parejas en todo el mundo, y el 30-75% de las pérdidas de embarazo preclínico se deben a un fallo durante el proceso de implantación. La exposición a disruptores endocrinos, como los bisfenoles, entre otros, se ha asociado con el aumento de la infertilidad observado en las últimas décadas. Un aumento en la infertilidad ha correlacionado con la exposición a disruptores endocrinos como los bisfenoles. El útero alberga su propia microbiota, y los cambios en esta microbiota se han vinculado a varias condiciones ginecológicas, incluido el fallo reproductivo. No hay estudios sobre los efectos de los bisfenoles en la composición de la microbiota uterina, pero se pueden inferir algunas conclusiones al observar el intestino. Los bisfenoles pueden alterar la microbiota intestinal, y el mecanismo molecular por el cual la microbiota intestinal regula la permeabilidad intestinal involucra receptores tipo Toll (TLRs) y proteínas de unión estrecha (TJ). Las TJ participan en la implantación del embrión en el útero, pero la exposición al bisfenol interrumpe la expresión y localización de las proteínas TJ. El objetivo de esta revisión es resumir el conocimiento actual sobre la microbiota del tracto reproductivo femenino (FRT), su asociación con diferentes enfermedades reproductivas, particularmente el fallo reproductivo, los efectos de los bisfenoles en la composición de la microbiota y la salud reproductiva, y los mecanismos moleculares que regulan las interacciones entre la microbiota y el útero, cruciales para la implantación del embrión. Esta revisión también destaca las lagunas de conocimiento existentes y esboza las necesidades de investigación para futuras evaluaciones de riesgo respecto a los efectos de los bisfenoles en la reproducción.