El presente estudio se llevó a cabo para determinar la microbiota seminal de los verracos y su correlación con la calidad del esperma. Se recolectaron un total de 17 eyaculados de 17 verracos Duroc y se clasificaron según la calidad del esperma en dos grupos: baja calidad (n = 8) y alta calidad (n = 9). Cada eyaculado fue sometido a (i) evaluación del semen, (ii) cultivo bacteriano e identificación MALDI-TOF, y (iii) secuenciación del gen 16S rRNA y análisis bioinformáticos. No se detectó diferencia en el recuento total de bacterias, la diversidad alfa y la diversidad beta entre el grupo de alta calidad y el grupo de baja calidad (p > 0.05). Mientras que [variable] se correlacionó negativamente con la calidad del esperma (p < 0.05), [variable] se correlacionó positivamente con la calidad del esperma (p < 0.05). Lactobacillales (25.2%; LB) y Enterobacterales (10.3%; EB) fueron las bacterias más dominantes y se correlacionaron negativamente: EB = 507.3 - 0.5 x LB, R = 0.24, p < 0.001. Además, la abundancia de [variable] se correlacionó negativamente con LB (r = -0.754, p < 0.001) y se correlacionó positivamente con [variable] (r = 0.533, p < 0.05). [Variable] se correlacionó positivamente con [variable] (r = 0.485, p < 0.05), [variable] (r = 0.622, p < 0.01), y [variable] (r = 0.489, p < 0.05). En conclusión, la microbiota seminal está significativamente asociada con las cualidades del semen de los verracos. Las distribuciones de los géneros bacterianos más dominantes, las diferencias en la abundancia de pequeños subconjuntos de microbios y su correlación parecen tener un impacto mucho mayor que el contenido bacteriano seminal general (por ejemplo, recuento total de bacterias, diversidad alfa y diversidad beta) en la calidad del esperma.