La producción de ganado rumiantes enfrenta crecientes desafíos relacionados con los costos de alimentación, la sostenibilidad y las emisiones de metano (CH), con el microbioma del rumen desempeñando un papel central. Este estudio evaluó los efectos de los desechos de cáscara de naranja procesados y no procesados, valorados como subproductos de alimentación secundaria, sobre la composición microbiana del rumen y la abundancia de metanógenos en ovejas lecheras, al tiempo que se evaluaban los sesgos dependientes de los iniciadores en la detección microbiana. Dieciocho ovejas Chios en mitad de la lactancia fueron asignadas a tres dietas isonitrogenadas e isoenergéticas: control, 11% de cáscara de naranja procesada y 11% de cáscara de naranja no procesada, durante un ensayo de 84 días. Las muestras de rumen recolectadas en los días 0 y 84 se analizaron utilizando secuenciación Oxford Nanopore con iniciadores de longitud completa 16S (V1-V9) y procariontes (V3-V4). Firmicutes (39.5-58.0%) y Bacteroidota (20.0-37.4%) predominaban en todas las dietas, mientras que Methanobacteria (6.9-8.8%) se detectaron exclusivamente con el iniciador procarionte. La inclusión de cáscara de naranja atenuó el aumento de Proteobacteria en los controles y estabilizó las poblaciones de Prevotella. Notablemente, la dieta de cáscara de naranja procesada redujo la abundancia de Methanobacteria en un 19.3% (< 0.05) después de 84 días, sugiriendo efectos antimetanogénicos mejorados. Estos resultados destacan tanto la relevancia metodológica de la selección de iniciadores como el potencial de los subproductos cítricos como ingredientes de alimentación sostenibles que promueven la estabilidad microbiana del rumen y contribuyen a la mitigación del metano en la producción de ovejas lecheras.