La diferenciación en el crecimiento entre erizos de mar cultivados representa un desafío significativo para la acuicultura, ya que existe una comprensión limitada de los mecanismos moleculares subyacentes. En este estudio, se analizaron erizos de mar con diferentes tasas de crecimiento, criados en condiciones idénticas, en cuanto a comportamiento alimentario, microbiota intestinal y transcriptomas. Los erizos de mar de mayor tamaño demostraron una capacidad de alimentación significativamente mayor y una duración más prolongada que los más pequeños. Los filos dominantes en todos los grupos de tamaño fueron Campylobacterota, Proteobacteria y Firmicutes, siendo Campylobacterota el más abundante en los erizos de mar de tamaño pequeño (82.6%). Sin embargo, las familias Lachnospiraceae y Pseudomonadaceae fueron significativamente menos prevalentes en los erizos de mar de tamaño pequeño. El análisis del transcriptoma identificó 214, 544 y 732 genes expresados diferencialmente (DEGs) en las comparaciones de grande vs. mediano, grande vs. pequeño y mediano vs. pequeño, respectivamente. Los análisis de Ontología de Genes y de vías KEGG asociaron los DEGs con procesos clave como la biosíntesis de esteroides, el procesamiento de proteínas dentro del retículo endoplásmico y el metabolismo de azúcares nucleotídicos. Las variaciones en los fagosomas y las vías de señalización indicaron que las diferencias de tamaño están vinculadas a disparidades en el gasto energético y las respuestas al estrés. Estos hallazgos proporcionan una base para futuras investigaciones sobre los mecanismos regulatorios subyacentes a las diferencias de crecimiento en erizos de mar y ofrecen pistas para la selección de marcadores moleculares útiles para mejorar la producción de erizos de mar.