La microbiota intestinal presenta una única ritmicidad diurna que contribuye a la modulación de la fisiología y la homeostasis del huésped. La composición y actividad de la microbiota y sus moléculas secretadas influyen en el medio intestinal y en órganos vecinos, como el hígado. Múltiples moléculas relacionadas con el sistema inmunológico se han vinculado a la interacción diurna entre la microbiota y el huésped, incluyendo Reg3, IgA y MHCII, que son secretadas o expresadas en la superficie intestinal e interactúan directamente con las bacterias intestinales. Estas moléculas también están fuertemente influenciadas por patrones dietéticos, como la dieta alta en grasas y la alimentación restringida en el tiempo, que ya se sabe que modulan los ritmos microbianos y los relojes periféricos. En este contexto, utilizamos Reg3, IgA y MHCII como casos de prueba para resaltar los efectos divergentes mediado por la actividad diurna de la microbiota intestinal y sus efectos en el huésped. Además, destacamos los desafíos y conflictos actuales, las preguntas que quedan por responder y las perspectivas hacia una comprensión holística de los impactos del microbioma en el comportamiento humano circadiano.