La microbiota intestinal de las aves migratorias participa en las actividades vitales del huésped y se ve afectada por factores ambientales externos. La diferencia en el entorno del hábitat proporciona diversidad en la presión de selección ambiental externa para las mismas aves acuáticas que invernan, lo que puede reflejarse en su microbiota intestinal. El lago Caizi y el lago Shengjin en la llanura aluvial del medio y bajo río Yangtsé son los principales hábitats para las aves acuáticas migratorias en invierno, especialmente las (). Es importante explorar los cambios en la composición y función de la microbiota intestinal de en el período temprano de invernada para aclarar el efecto del tamaño del hábitat y el estado de protección sobre la microbiota intestinal. En este estudio, se exploraron preliminarmente la composición y las características estructurales de la microbiota intestinal de en el lago Shengjin (SL) y el lago Caizi (CL) con el fin de obtener datos para las aves migratorias. En ambos grupos de SL y CL, el análisis de secuenciación de amplicones de 16S rRNA mostró que Firmicutes era el filo bacteriano dominante, pero la abundancia relativa mostró diferencias significativas. fue el género más abundante en ambos grupos de SL y CL. A nivel de especie, la abundancia de fue la más alta, con una abundancia relativa en ambos grupos de SL y CL de más del 34%. Al comparar la abundancia relativa promedio de los 15 géneros más abundantes, se encontró que , , y tenían abundancias más altas en la microbiota intestinal de CL, mientras que y tenían abundancias más altas en la microbiota intestinal de SL. Solo hubo una correlación positiva entre y en la flora de microbiota intestinal de SL, y las especies estaban estrechamente relacionadas. Al mismo tiempo, hubo correlaciones positivas y negativas entre Firmicutes y Actinobacterias. Sin embargo, CL está principalmente asociado con una correlación positiva entre Firmicutes y Actinobacterias, y también hay un pequeño número de conexiones entre Firmicutes. El análisis de predicción de PICRUSt1 reveló que las funciones de los Grupos de Clústeres Ortólogos (COG) de SL y CL involucran producción y transformación de energía, transporte y metabolismo de aminoácidos, transporte y metabolismo de carbohidratos, y transcripción. Comprender los cambios en la microbiota intestinal en Aves durante el período de invernada es de gran importancia para explorar el mecanismo de adaptación de las Aves migratorias al entorno de invernada. Este trabajo proporciona datos básicos para un estudio de microbiota intestinal.