Los trastornos gastrointestinales son comunes y debilitantes en los caballos, pero su diagnóstico a menudo es difícil e invasivo. Las muestras fecales ofrecen una alternativa no invasiva para evaluar la salud gastrointestinal de los caballos al proporcionar información sobre la microbiota intestinal y la inflamación. En este estudio, utilizamos secuenciación 16S para comparar la diversidad y composición bacteriana fecal de 27 caballos sanos y 49 caballos diagnosticados con enfermedad inflamatoria intestinal (EII). También medimos la concentración de calprotectina fecal, un marcador de inflamación intestinal, en caballos sanos y caballos con EII. Encontramos que la composición de la microbiota difería entre los caballos sanos y los caballos con EII, aunque menos del cinco por ciento de la variación en la composición de la microbiota fue explicada por el estado de salud individual y la edad. Varios taxones bacterianos diferencialmente abundantes asociados con EII, edad o condición corporal fueron eliminados del phylum Firmicutes más dominante y enriquecidos con el phylum Bacteroidota. Un modelo de red neuronal artificial predijo la probabilidad de EII entre las muestras de prueba con un 100% de precisión. Nuestro estudio es el primero en demostrar la asociación entre la composición de la microbiota intestinal y las formas crónicas de EII en caballos y destaca el potencial de utilizar muestras fecales como una fuente no invasiva de biomarcadores para la EII equina.