La migración de cultivos causada por eventos climáticos ha favorecido la aparición de nuevas enfermedades transmitidas por el suelo, lo que ha resultado en la colonización de nuevos nichos (enfermedades infecciosas emergentes, EIDs). Los patógenos transmitidos por el suelo son extremadamente persistentes en el medio ambiente. Esto se debe en gran parte a su capacidad para residir en el suelo durante mucho tiempo, incluso sin una planta huésped, utilizando varias estrategias de supervivencia. En este sentido, los suelos supresores de enfermedades, caracterizados por una baja incidencia de enfermedades debido a la presencia de microorganismos antagonistas, pueden ser una excelente oportunidad para estudiar los mecanismos de inmunidad inducida por el suelo, que pueden aplicarse en el desarrollo de una nueva generación de bioinoculantes. Por lo tanto, aquí revisamos los principales efectos del cambio climático en cultivos y patógenos, así como el uso potencial de la microbiota supresora del suelo como una fuente natural de agentes de biocontrol. Basándonos en los resultados de estudios previos, también proponemos una estrategia para la optimización de ensamblajes de microbiota, seleccionados utilizando un enfoque mediado por el huésped. Este proceso implica un aumento y prevalencia de taxones específicos durante la transición de un suelo propicio a uno supresor. Esta estrategia podría utilizarse como un modelo para diseñar ensamblajes de microbiota para la supresión de patógenos, así como para la reducción de estrés abiótico creado debido al cambio climático global.