Mejorar la eficiencia alimentaria (EA) es esencial para aumentar la productividad, reducir los costos de producción y minimizar los impactos ambientales en la industria porcina. La microbiota fecal y sus metabolitos desempeñan roles importantes en el metabolismo de nutrientes y la utilización de energía. Este estudio tuvo como objetivo investigar la microbiota fecal y los metabolitos asociados en cerdos con diferentes índices de conversión alimentaria (ICA). Se recolectaron muestras fecales de 20 cerdos comerciales Duroc x (Landrace x Yorkshire) (DLY) que presentaban índices de conversión alimentaria extremadamente altos (HFCR, = 10) y bajos (LFCR, = 10) para su análisis mediante secuenciación del gen 16S rRNA y cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS). El análisis de la microbiota reveló abundancias significativamente más altas de , , , y en cerdos LFCR ( < 0.05), mientras que las bacterias patógenas predominaban en cerdos HFCR ( < 0.05). La metabolómica LC-MS identificó variaciones significativas en los metabolitos involucrados en la biosíntesis de hormonas esteroides y el metabolismo de ácidos biliares primarios entre los dos grupos ( < 0.05). El análisis de correlación de Spearman demostró además correlaciones positivas significativas entre y con metabolitos de ácidos biliares, así como entre y la síntesis de hormonas esteroides ( < 0.05). Estos hallazgos sugieren un papel potencial para microbios y metabolitos específicos que están asociados con la eficiencia alimentaria, y justifican su validación en ensayos de alimentación de cerdos y trasplante de microbiota fecal (TMF).