Después del nacimiento, el sistema inmunológico se enfrenta a numerosos elementos del entorno extrauterino, lo que se refleja en fluctuaciones de los marcadores inflamatorios. Las concentraciones de estos marcadores en el primer mes de vida están asociadas con el rendimiento futuro de la descendencia lechera. Se piensa que los géneros bacterianos que colonizan el tracto intestinal del ternero pueden causar inflamación y, por lo tanto, afectar el rendimiento de su huésped a través de la inmunomodulación. Este estudio exploró cómo la microbiota fecal de los terneros lecheros recién nacidos se relacionaba con los marcadores inflamatorios durante las primeras tres semanas de vida, y si la abundancia de géneros específicos estaba asociada con el rendimiento en la primera lactancia. Se estudiaron noventa y cinco terneras Holstein. Una vez a la semana, se recolectaron muestras de suero y fecales, se midieron las concentraciones séricas de amiloide A sérico, haptoglobina, factor de necrosis tumoral alfa e interleucina-6, y se examinó la composición de la microbiota fecal mediante secuenciación de amplicones del gen 16S rRNA. La abundancia fecal en la primera semana de edad y la abundancia en la segunda semana se asociaron negativamente con la respuesta inflamatoria, así como con el intervalo entre el parto y la concepción. La abundancia en la segunda semana de vida se asoció positivamente con la respuesta inflamatoria y el intervalo entre el parto y la concepción, y negativamente con el aumento de peso diario promedio. En la tercera semana, la abundancia se asoció positivamente, la abundancia se asoció negativamente con la respuesta inflamatoria, y ambos géneros se asociaron negativamente con la edad al primer parto. Estos géneros bacterianos pueden influir en la respuesta inflamatoria y, a través de esto, posiblemente en el rendimiento futuro de la ternera lechera. Descifrar tales interacciones microbiota-huésped puede ayudar a mejorar la gestión de los terneros para beneficiar la producción y el bienestar.