Introducción: Conocer la microbiota bacteriana presente en la leche cruda bovina es importante para determinar su inocuidad y los posibles usos en la producción de derivados lácteos. Objetivo: Identificar la biodiversidad de la microbiota bacteriana de la leche cruda bovina almacenada en un centro de acopio en Ecuador. Métodos: Se utilizó la secuenciación de próxima generación (NGS) Illumina MiSeq de la región hipervariable V4 del gen 16S rRNA para identificar la composición taxonómica bacteriana de la leche analizada. El estudio se desarrolló durante los meses de invierno y de verano en la Provincia de Tungurahua, Ecuador y las muestras se recolectaron en un centro de acopio. El análisis comparativo de las secuencias obtenidas se realizó mediante el programa ClustalW y BLAST, obteniéndose los filotipos asignados a nivel de familia, género y especies. Resultados: Los datos obtenidos indican un predominio de bacterias Gram positivas (Terrabacterias) pertenecientes al grupo de las bacterias lácticas (Firmicutes), destacando la presencia mayoritaria, tanto en invierno como en verano, de las especies Lactococcus raffinolactis (42,3% y 22,81%) y Lactococcus lactis (37,4% y 52,25%). La biodiversidad y riqueza de especies fue mayor en la época de invierno, aunque el número de bacterias fue mayor en la época verano. También se identificaron microorganismos patógenos, aunque en porcentajes bajos, de los géneros Acinetobacter, Aeromonas, Klebsiella, Pseudomonas, Staphylococcus y Streptococcus. Conclusiones:  Los hallazgos de la investigación pueden ayudar a formular estrategias para la elaboración de derivados lácteos de buena calidad y establecer denominaciones de origen que potencien su comercialización.