El cultivo orgánico puede mejorar la fertilidad del suelo y la biodiversidad a través de la preservación de la materia orgánica del suelo. Mientras tanto, el cultivo en invernadero puede proporcionar un entorno controlado y, por lo tanto, permite el manejo de cada aspecto del crecimiento de las plantas. En los últimos años, la combinación de cultivo orgánico y en invernadero se ha convertido lentamente en una opción popular en regiones tropicales para prevenir el impacto impredecible del clima. Aunque se sabe que el cultivo orgánico aumenta significativamente la densidad y especies de microorganismos, el impacto del microbioma del suelo en el crecimiento de vegetales a corto plazo bajo cultivo orgánico en invernadero aún no está esclarecido. En este estudio, examinamos las propiedades fisicoquímicas del suelo, así como el microbioma de la rizosfera de plantas de mostaza sanas y enfermas bajo cultivo orgánico en invernadero. A través del análisis de secuenciación de próxima generación (NGS), nuestros resultados revelaron que la estructura del microbioma de la rizosfera de las plantas de mostaza sanas era significativamente diferente de la de las plantas de mostaza enfermas bajo cultivo orgánico en invernadero. Nuestros hallazgos sugieren que la composición del microbioma del suelo puede influir significativamente en el crecimiento de los vegetales. Como tal, hemos demostrado el impacto del microbioma del suelo en el crecimiento de vegetales bajo cultivo orgánico en invernadero y proporcionamos una posible estrategia para la agricultura sostenible.