El renacimiento psicodélico ha reavivado el interés en el potencial terapéutico de los psicodélicos para la salud mental y el bienestar. Un área emergente de interés es la posible modulación de los efectos psicodélicos por el microbioma intestinal, el ecosistema de microorganismos en nuestro tracto digestivo. Esta revisión explora la intersección entre el microbioma intestinal y la terapia psicodélica, subrayando las posibles implicaciones para la medicina personalizada y la salud mental. Profundizamos en la comprensión actual del eje intestino-cerebro, su influencia en el estado de ánimo, la cognición y el comportamiento, y cómo el microbioma puede afectar el metabolismo y la biodisponibilidad de las sustancias psicodélicas. También discutimos el papel de las variaciones del microbioma en la configuración de las respuestas individuales a los psicodélicos, junto con los posibles riesgos y beneficios. Además, consideramos la perspectiva de intervenciones dirigidas al microbioma como un enfoque novedoso para aumentar o modular la efectividad de la terapia psicodélica. Al integrar conocimientos de los campos de la psicofarmacología, microbiología y neurociencia, nuestro objetivo es avanzar en el conocimiento sobre la intrincada relación entre el microbioma y las sustancias psicodélicas, allanando así el camino para estrategias novedosas que optimicen los resultados en salud mental en medio del renacimiento psicodélico en curso.