El pollo es una parte importante de la dieta humana y se considera un alimento nutritivo y saludable. La deposición excesiva de grasa abdominal en los pollos de engorde presenta un obstáculo significativo tanto para los productores avícolas como para la industria alimentaria. Este estudio comparó la composición del microbioma intestinal y los perfiles genómicos completos del hospedador entre pollos de engorde de línea grasa y de línea magra que habían sido criados selectivamente por niveles divergentes de grasa abdominal durante 15 generaciones. Nuestros hallazgos sugieren que las dos líneas de pollo exhibieron diferencias significativas en su microbiota intestinal y que el proceso de cría selectiva también condujo a variaciones genómicas en los pollos magros, con polimorfismos de un solo nucleótido observados predominantemente en genes relacionados con el metabolismo de energía y lípidos. Este estudio ofrece nuevas perspectivas sobre las complejas interacciones entre el intestino y el genoma en el metabolismo de la grasa del pollo, allanando el camino para estrategias de cría más efectivas y basadas en el microbioma para gestionar la adiposidad en las aves de corral.