El genoma microbiano extendido, el microbioma intestinal (MI), juega un papel significativo en la salud y enfermedad del huésped. Es capaz de influir en una serie de funciones fisiológicas. Durante la disbiosis, el MI se asocia con el desarrollo de diversas enfermedades crónicas con calidad ósea deteriorada. En general, el MI es importante para la homeostasis ósea y puede afectarla a través de varios mecanismos. Esta revisión describe los roles del MI en la homeostasis ósea a través de la influencia en las funciones inmunitarias y endocrinas, la producción de ácidos grasos de cadena corta, la absorción de calcio y el eje intestino-cerebro. También se destaca y resume la relación entre la composición del MI y varias enfermedades relacionadas con los huesos, específicamente la osteoporosis, la osteoartritis, la artritis reumatoide, la diabetes mellitus, la obesidad y el cáncer óseo. La manipulación del MI puede convertirse en una futura terapia adyuvante en la prevención de muchas enfermedades crónicas. Por lo tanto, se proporcionan los efectos beneficiosos de la terapia probiótica para mejorar el estado de salud de individuos con las enfermedades mencionadas, pero se necesitan más estudios para confirmar claramente su efectividad. Evidencias recientes sugieren que el MI es responsable de efectos directos e indirectos sobre la eficacia de los medicamentos. En consecuencia, también se mencionan diversas alteraciones e interacciones del MI relacionadas con el tratamiento de enfermedades óseas.