El hiperadrenocorticismo (HAC) es un trastorno endocrino común en perros, que se asocia con diversas anomalías metabólicas. Hipotetizamos que los niveles elevados de cortisol en perros con HAC alteran el microbioma intestinal (MI), y que esta alteración persiste incluso después del tratamiento con trilostano. Este estudio exploró la composición del MI en perros con HAC. Incluimos 24 perros, 15 con HAC y 9 controles sanos, y realizamos un seguimiento con 5 perros con HAC que recibieron tratamiento con trilostano. El análisis del MI reveló cambios composicionales significativos en perros con HAC, incluyendo una reducción de la diversidad del microbioma en comparación con los controles sanos, particularmente en taxones raros, como lo indica el índice de Shannon ( = 0.0148). El análisis de la beta diversidad mostró además un agrupamiento distinto de los microbiomas en perros con HAC, separándolos de los perros sanos ( < 0.003). Específicamente, se observó una sobrerrepresentación de Proteobacteria (Pseudomonadota), Actinobacteria, y poblaciones de Firmicutes (Bacillota) disminuidas. A pesar del tratamiento con trilostano, la disbiosis intestinal persistió en perros con HAC a una mediana de 41 días después del tratamiento, sugiriendo su posible papel en problemas metabólicos continuos. Identificamos la disbiosis del MI en perros con HAC al examinar géneros bacterianos clave, ofreciendo perspectivas sobre posibles intervenciones como probióticos o trasplantes de microbiota fecal para una mejor gestión del HAC.