Mantener la alta salud general de los animales de granja es un principio central de su bienestar y cuidado. La intensa concentración de animales en la acuicultura promueve la morbilidad animal, especialmente en ausencia de métodos sencillos para monitorear su salud. Aquí, utilizamos la secuenciación del gen del ARN ribosomal bacteriano 16S para medir la dinámica de las poblaciones bacterianas durante la infección. Observamos una comunidad bacteriana compleja que consistía en un patobioma central previamente no descrito. Notablemente, detectamos en las úlceras cutáneas de salmones infectados, mientras que spp. se enriquecieron en branquias infectadas. La prevalencia de estas redes coocurrentes indicó que la coinfección con otros patógenos puede aumentar la patogenicidad.