Las heces permiten muestreos frecuentes del mismo animal, lo cual es valioso en estudios que investigan el desarrollo del microbioma intestinal en lechones. El alimento de iniciación debería preparar el intestino del lechón para el período postdestete y moldear el microbioma en consecuencia. Se sabe poco sobre la variación que causa las diferencias en el color y la consistencia de las heces y los diferentes tipos de muestras (heces versus muestras de hisopos). Por lo tanto, este estudio evaluó las alteraciones relacionadas con la edad en la composición del microbioma (gen 16S rRNA) en las heces de lechones lactantes y recién destetados en el contexto de la nutrición y la consistencia, color y tipo de muestra de las heces desde el día 2 hasta el 34 de vida. Se recolectaron heces de 40 lechones sanos (2 de cada una de 20 camadas) en los días 2, 6, 13, 20, 27, 30 y 34. El destete ocurrió en el día 28. La mitad de las camadas solo bebió leche de la cerda durante la fase de lactancia, mientras que la otra mitad tuvo acceso al alimento de iniciación desde el día 10. La alimentación de iniciación durante la fase de lactancia influyó en las abundancias totales de bacterias y arqueas relacionadas con la edad, pero tuvo menos influencia en la composición bacteriana relativa. Los resultados mostraron además diferentes composiciones taxonómicas en las heces de diferente consistencia, color y tipo de muestra, enfatizando la necesidad de considerar estas características en estudios microbiológicos integrales.