Los halófilos extremos ofrecen la ventaja de ahorrar en los costos de esterilización y agua para la producción de biohidrógeno a partir de residuos lignocelulósicos después del proceso de pretratamiento, gracias a su capacidad para soportar concentraciones extremas de sal. Este estudio identifica los géneros y especies dominantes productoras de hidrógeno entre las comunidades microbianas aclimatadas y extremadamente halotolerantes tomadas de dos ubicaciones de suelo dañadas por sal en Khon Kaen y una ubicación del estanque de evaporación de sal en Samut Sakhon, Tailandia. Se analizaron las regiones V3-V4 del 16srRNA de las comunidades microbianas utilizando secuenciación de amplicones de alto rendimiento. Se obtuvieron un total de 345 unidades taxonómicas operativas y la secuenciación de alto rendimiento confirmó que eran los filos dominantes de las tres comunidades y las especies productoras de hidrógeno dominantes de las comunidades. No se encontró que la proximidad espacial fuera un factor determinante para las similitudes entre estas comunidades microbianas extremadamente halófilas. A través del estudio de las comunidades microbianas, se pueden desarrollar estrategias para aumentar el rendimiento molar de biohidrógeno.