Además de las condiciones climáticas, las prácticas agronómicas pueden tener una gran influencia en el rendimiento del cultivo de maíz y en la contaminación con micotoxinas. En este trabajo, se evaluó el efecto de diferentes sistemas de riego (riego por inundación vs. riego por aspersión), manejo del riego por aspersión (frecuencia baja vs. alta, riego diurno vs. nocturno) y prácticas de labranza (labranza convencional, siembra directa con o sin rastrojo de cultivos) en el rendimiento del cultivo y la contaminación con aflatoxinas (AFs), fumonisinas (FUM) y deoxinivalenol (DON) en el grano de maíz de dos campos experimentales de maíz. No se detectaron aflatoxinas en ninguna de las muestras analizadas. Los niveles de DON y FUM fueron significativamente más altos cuando el riego por aspersión se realizaba por la noche (0,54 y 1,21 mg kg, respectivamente) en comparación con el riego diurno (0,38 y 0,45 mg kg). Asimismo, los niveles de DON y FUM fueron mayores cuando la frecuencia de riego era baja (0,61 y 1,09 mg kg, respectivamente) en comparación con la frecuencia alta (0,30 y 0,57 mg kg). Las concentraciones de DON fueron significativamente más altas en campos con riego por aspersión (0,53 mg kg) en comparación con el riego por inundación (0,19 mg kg), mientras que los niveles de FUM fueron muy similares independientemente del sistema de riego del maíz. Las concentraciones de micotoxinas no se vieron afectadas por las diferentes prácticas de labranza del suelo. Esto resalta la importancia de implementar prácticas de manejo de cultivos para minimizar el riesgo de contaminación por micotoxinas en el maíz.