En suelos ácidos con toxicidad de manganeso (Mn), los hongos micorrícicos arbusculares (AMF) pueden mejorar el crecimiento del huésped vegetal al mejorar la nutrición y proteger contra el estrés ambiental. El micelio extraradical intacto (ERM) de AMF es capaz de sobrevivir a las condiciones del verano mediterráneo y proporcionar una colonización temprana de los cultivos de invierno. Este estudio evaluó si las condiciones de verano obstaculizaban los efectos beneficiosos de la colonización de trigo por el ERM intacto asociado con una planta nativa, en suelo ácido. El trigo se cultivó en suelo con ERM intacto o interrumpido asociado con (ORN), desarrollado durante 7 o 24 semanas, para simular la supervivencia del ERM en verano. Se determinó la actividad de enzimas antioxidantes y se realizó el análisis cuantitativo de Mn y macronutrientes mediante espectrometría de masas con plasma acoplado inductivamente (ICP-MS), en brotes de trigo y fracciones subcelulares respectivas. La colonización del trigo por ERM intacto disminuyó la concentración de Mn en los brotes pero aumentó la proporción de Mn en el apoplasto. En general, la actividad enzimática antioxidante disminuyó pero la proporción de la actividad de la manganeso-superóxido dismutasa sobre las isoformas restantes aumentó, sugiriendo su papel importante en la mitigación mediada por AMF de la toxicidad de Mn. Las condiciones de verano no redujeron sustancialmente los beneficios proporcionados por ERM ORN. Una estrategia de no labranza aliada al desarrollo de microbiota nativa puede contribuir a la optimización sostenible del uso de suelos ácidos.