Los microARNs (miARNs) son reguladores fundamentales de la expresión génica, desempeñando roles cruciales en los procesos de desarrollo de las plantas y en las respuestas ambientales. Sin embargo, la función de los miARNs en la influencia de los rasgos caducifolios ha sido poco explorada. Aquí, utilizamos sRNA-seq en dos especies caducifolias, (Hand.-Mazz.) S. Y. Hu y Champ. ex Benth., junto con una especie perenne, Thunb., para identificar y anotar miARNs dentro de estas especies. Nuestro análisis reveló 162 miARNs específicos de especie (denominados miARNs SS) de 120 familias, subrayando los roles fundamentales y la influencia potencial de los miARNs SS en la diversidad fenotípica y la adaptación de las plantas. Notablemente, se encontraron tres miARNs SS que apuntan a genes cruciales dentro de la vía de señalización de la abscisión. El análisis de elementos reguladores sugirió una nueva relación reguladora que puede contribuir al fenotipo perenne al modular el proceso de abscisión de manera independiente de la luz. Estos hallazgos proponen un mecanismo potencial mediante el cual los miARNs SS pueden influir en la vía de abscisión conservada, contribuyendo a la divergencia fenotípica entre especies caducifolias y perennes dentro del género.