La agricultura sigue en grave riesgo debido a infecciones virales, especialmente a la luz del cambio climático y las prácticas agrícolas más intensivas. Los pequeños ARN no codificantes (sRNAs), en particular los microARNs (miARNs) y los ARN circulares (circARNs), han surgido como reguladores post-transcripcionales cruciales de la defensa antiviral en las plantas en este contexto. Estas moléculas proporcionan una capa esencial de inmunidad basada en ARN al regular hormonas, autofagia, equilibrio redox, señalización inmunológica y muerte celular programada. En este trabajo, examinamos los procesos moleculares a través de los cuales los circARNs y miARNs funcionan durante la infección viral, centrándonos en cómo afectan la autofagia y la resistencia adquirida sistémica (SAR). A través de búsquedas exhaustivas en PubMed, Web of Science y Scopus, combinamos hallazgos de estudios experimentales y transcriptómicos revisados por pares. Nuestro estudio abarca cultivos importantes así como especies modelo, proporcionando una comprensión completa de la síntesis de sRNA, el control de objetivos y la señalización antiviral. Al combinar datos previamente dispares, esta revisión proporciona un marco coherente para entender cómo los ARN cortos afectan las respuestas inmunitarias de las plantas a las infecciones virales. Destacamos relaciones regulatorias clave que necesitan más estudio y proponemos que estos resultados pueden ser utilizados como base para nuevos enfoques biotecnológicos basados en ARN. Al alterar cuidadosamente los mecanismos regulatorios del ARN, los científicos pueden utilizar esta información para ayudarles a crear cultivos más resistentes.