Las moléculas del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) son actores clave en el inicio de las respuestas inmunitarias contra patógenos invasores. Tanto los genes del MHC de clase I como de clase II están presentes en los teleósteos, y, utilizando el agrupamiento filogenético, las secuencias de ambas clases han sido clasificadas en varias linajes. Las secuencias de genes polimórficos y clásicos del MHC de clase I y clase II pertenecen a los linajes U y A, respectivamente. Los linajes restantes de clase I y clase II contienen secuencias de genes no clásicos que, a pesar de su naturaleza no ortóloga, pueden tener funciones similares a sus contrapartes no clásicas en mamíferos. Sin embargo, el hecho de que varios de estos linajes no clásicos solo estén presentes en algunas especies de teleósteos es desconcertante y cuestiona su importancia funcional. El número de genes dentro de cada linaje varía considerablemente entre las especies de teleósteos. Al menos algunas expansiones de genes parecen razonables, como la enorme expansión del MHC de clase I en el bacalao del Atlántico que probablemente compensa la falta de MHC de clase II y CD4. El desencadenante evolutivo para expansiones similares del MHC de clase I en tilapia, por ejemplo, que tiene un MHC de clase II funcional, no es tan evidente. Estudios futuros nos proporcionarán una comprensión más detallada, en particular de las funciones de los genes MHC no clásicos.