La secuenciación de ARN (RNA-seq) se ha convertido en la herramienta preferida para la transcriptómica. Varios estudios recientes demuestran su exitosa adaptación al análisis de células individuales. Esto permite obtener nuevos conocimientos biológicos sobre la diferenciación celular, la variación entre células y la regulación génica, y cómo estos aspectos dependen entre sí. Aquí, reviso los esfuerzos actuales de RNA-seq de células individuales (scRNA-seq) y discuto los protocolos experimentales, los desafíos y los potenciales.