Se han utilizado varias metodologías de imagen en estudios de biopelículas, contribuyendo a profundizar el conocimiento sobre su estructura. Esta revisión ilustra las técnicas de microscopía más utilizadas en investigaciones de biopelículas, centrándose en técnicas de microscopía electrónica de barrido tradicionales e innovadoras, como la microscopía electrónica de barrido (SEM), SEM de presión variable (VP-SEM), SEM ambiental (ESEM) y la más reciente SEM ambiental (ASEM), finalizando con la vanguardista Cryo-SEM y SEM de haz de iones focalizados (FIB SEM), destacando los pros y los contras de varios métodos con especial énfasis en SEM convencional y VP-SEM. Dado que cada técnica tiene sus propias ventajas y desventajas, la elección del método más apropiado debe hacerse con cuidado, basado en el objetivo específico del estudio. La evaluación de los efectos de los fármacos en la biopelícula requiere métodos de imagen que muestren las características ultrastructurales más detalladas de la biopelícula. En este tipo de investigación, el uso de microscopía electrónica de barrido con protocolos personalizados, como el tetróxido de osmio (OsO), el rojo de rutenio (RR), la tinción con ácido tánico (TA) y el tratamiento con líquido iónico (IL), es inigualable por su calidad de imagen, aumento, resolución, mínima pérdida de muestra y preservación de la estructura real de la muestra. El uso combinado de protocolos innovadores de SEM y software de análisis de imágenes en 3D permitirá extraer datos cuantitativos de las imágenes de SEM; de esta manera, se podrán comparar los datos de imágenes de muestras que han sido sometidas a diferentes tratamientos antibiofilm.