Un árbol filogenético puede reflejar las relaciones evolutivas entre especies o familias de genes, y juegan un papel crítico en la investigación biológica moderna. En esta revisión, resumimos los métodos comunes para construir árboles filogenéticos, incluyendo métodos de distancia, máxima parsimonia, máxima verosimilitud, inferencia bayesiana y métodos de integración de árboles (supermatriz y supertree). Aquí discutimos las ventajas, limitaciones y aplicaciones de cada método y ofrecemos códigos relevantes para construir árboles filogenéticos a partir de datos moleculares utilizando paquetes y algoritmos en R. Esta revisión tiene como objetivo proporcionar una guía y referencia completa para investigadores que buscan construir árboles filogenéticos, al mismo tiempo que promueve el desarrollo y la innovación en este campo. Al ofrecer una visión clara y concisa de los diferentes métodos disponibles, esperamos permitir a los investigadores seleccionar el enfoque más apropiado para sus preguntas de investigación específicas y conjuntos de datos.