Una importancia considerable en la biofísica molecular se atribuye a influir mediante la mutagénesis en las propiedades específicas de una familia de proteínas. La hipótesis de trabajo es que mutar residuos en pocas posiciones seleccionadas puede afectar la especificidad. El análisis estadístico de secuencias homólogas puede identificar posiciones determinantes de la especificidad (SDPs, por sus siglas en inglés) y ayudar a arrojar algo de luz sobre las peculiaridades subyacentes en su función. En este trabajo, presentamos un enfoque para identificar dichas posiciones inspirado en métodos de predicción de SDP basados en información mutua de vanguardia. El algoritmo basado en este enfoque proporciona un procedimiento sistemático para señalar las características físicas relevantes de los posibles SPDs e investigar los efectos de las mutaciones correlacionadas. El método se prueba en dos pruebas estándar en el campo y se valida aún más en el contexto de un problema biológicamente interesante: la multimerización de las Proteínas Intrínsecamente Fluorescentes (IFP).