La carne de burro ha ganado popularidad como un producto cárnico emergente debido a su valor nutricional superior y sabor distintivo. A pesar de esto, la investigación sobre los mecanismos moleculares que contribuyen a la calidad de la carne, especialmente dentro del campo de la proteómica, sigue siendo limitada. Este estudio tuvo como objetivo abordar esta brecha utilizando la técnica de adquisición independiente de datos (DIA) para identificar proteínas diferencialmente expresadas (DEPs) en los músculos glúteo superficial (WG), longissimus thoracis (WLT) y semitendinoso (WS) de burros. Nuestro análisis reveló 189 y 384 DEPs en los músculos WG/WLT y WS/WLT, respectivamente. Se encontraron varias vías potenciales significativas, que implican a estas DEPs, que están estrechamente asociadas con la calidad de la carne de burro. Estas vías incluyen la biosíntesis de ácidos grasos, la señalización de TGF-beta, la señalización de FOXO, la señalización de mTOR, la fosforilación oxidativa, el ciclo del citrato, el metabolismo de alanina, aspartato y glutamato, la biosíntesis de arginina, y la degradación de valina, leucina e isoleucina. Las DEPs identificadas y sus vías reguladas estuvieron involucradas en la regulación de la deposición de grasa intramuscular, el metabolismo de proteínas y el metabolismo de aminoácidos en los músculos de burro. Estos mecanismos tienen un impacto directo en las propiedades fisicoquímicas y el sabor de la carne de burro. Nuestros hallazgos contribuyen a una mejor comprensión de los procesos moleculares que influyen en la calidad de la carne de burro. Además, los hallazgos de nuestro estudio pueden estar influenciados por el tamaño de la muestra. Por lo tanto, se necesita más investigación con una muestra más grande para proporcionar una evaluación más completa de la calidad de la carne.