En este documento, consideramos un sistema acoplado de ecuaciones que describe un problema simplificado de magnetohidrodinámica (MHD) en dominios perforados. Construimos una malla fina que resuelve las perforaciones en el nivel de la malla para usar una aproximación tradicional. Para la solución en la malla fina, construimos una aproximación utilizando el método de elementos finitos mixtos. Para reducir el tamaño del sistema de la malla fina, desarrollaremos un Método de Elementos Finitos Multiescala Generalizado Mixto (Mixed GMsFEM). El método difiere de los enfoques existentes y requiere algunas modificaciones para representar los campos de flujo y magnéticos. Se presentan resultados numéricos para un problema modelo bidimensional en dominios perforados. Este problema modelo es un caso especial para el problema general en 3D. Estudiamos la influencia del número de funciones de base multiescala en la precisión del método y mostramos que el método propuesto proporciona una buena precisión con pocas funciones de base.