Después de una rotura de doble cadena de ADN, las células utilizan la unión de extremos no homólogos o la recombinación homóloga para reparar los extremos de ADN rotos. La recombinación homóloga requiere un extenso procesamiento nucleolítico de una de las hebras de ADN, lo que resulta en largas extensiones de 3 colas de ADN de una sola hebra. Typically, el ADN de una sola hebra se mide utilizando microscopía de inmunofluorescencia para visualizar los focos de la proteína de replicación A, una proteína de unión al ADN de una sola hebra. El análisis de microscopía de los focos de bromodeoxiuridina en condiciones no desnaturalizantes también se ha utilizado para medir el ADN de una sola hebra. Aquí, describimos un ensayo de ligación de proximidad que utiliza la incorporación de bromodeoxiuridina en todo el genoma para etiquetar el ADN de una sola hebra con el fin de medir la asociación de una proteína de interés con el ADN de una sola hebra. Este método es ventajoso sobre el análisis de focos tradicional porque es más directo y específico que los métodos tradicionales de microscopía de co-localización de focos, utiliza solo un canal de color y puede revelar interacciones proteína-ADN de una sola hebra que son raras y potencialmente indetectables utilizando métodos de microscopía tradicionales. Mostramos aquí la asociación de la proteína de replicación A y la bromodeoxiuridina como prueba de concepto.