Con el crecimiento económico de la agroindustria brasileña, es necesario evaluar la eficiencia de esta actividad en relación con las demandas ambientales para el desarrollo económico, social y sostenible del país. En esta perspectiva, la presente investigación tiene como objetivo examinar la ecoeficiencia de la producción agrícola en las regiones brasileñas, abarcando 5563 municipios en las regiones norte, noreste, centro-oeste, sureste y sur, utilizando datos de 2016-2017. En este sentido, este estudio utiliza los métodos DEA (clásico y estocástico) y el método de bootstrap computacional para eliminar valores atípicos y medir la ecoeficiencia. Los hallazgos conducen a dos conclusiones fundamentales: primero, al emular los puntos de referencia, es factible aumentar los ingresos anuales y las áreas preservadas a un nivel regional agregado del 20.84% manteniendo los mismos insumos. Dado que ningún municipio ha alcanzado un valor de ecoeficiencia igual a 1, hay margen para la optimización y mejora de la producción y un mayor desarrollo sostenible de los municipios. En segundo lugar, los factores climáticos influyen notablemente en las puntuaciones de ecoeficiencia, sugiriendo que el aumento de las temperaturas y la disminución de las precipitaciones pueden impactar positivamente en la ecoeficiencia de la región. Estas conclusiones, dependientes de las características regionales, ofrecen información valiosa para que los responsables de políticas diseñen estrategias que equilibren el crecimiento económico y la preservación ambiental. Además, se pueden implementar políticas y medidas adaptativas para aumentar la resiliencia de los productores locales y reducir la vulnerabilidad a las condiciones climáticas cambiantes.