El equilibrio de aminoácidos es fundamental para mejorar la eficiencia de la utilización de proteínas en la alimentación y para reducir la contaminación ambiental causada por la agricultura intensiva. En estudios anteriores, se ha demostrado que la suplementación con aminoácidos limitantes es un medio efectivo para mejorar la utilización de nutrientes y el rendimiento animal. En este experimento, se investigaron los efectos de la metionina sobre la digestibilidad aparente de nutrientes, la composición de nutrientes de las astas, la composición de aminoácidos en el líquido ruminal, los ácidos grasos volátiles fecales y las bacterias intestinales en ciervos sika en crecimiento de astas, añadiendo aleatoriamente diferentes niveles de metionina a las dietas de tres grupos de cuatro ciervos a 0 g/día (CON), 4 g/día (LMet) y 6 g/día (HMet). La suplementación con metionina aumentó significativamente la digestibilidad aparente de materia orgánica, fibra detergente neutra (FDN) y fibra detergente ácida (FDA) en el grupo LMet (< 0.05). La proteína bruta y la proteína de colágeno de las astas fueron significativamente más altas en los grupos LMet y HMet en comparación con el grupo CON y también significativamente más altas en el grupo HMet en comparación con el grupo LMet, mientras que el contenido de calcio de las astas fue significativamente más bajo en el grupo HMet (< 0.05). La composición de aminoácidos libres en el líquido ruminal se alteró en los tres grupos de ciervos sika, con cambios significativos en ácido aspártico, citrulina, valina, cisteína, metionina, histidina y prolina. A nivel de filo, Firmicutes y Bacteroidetes fueron los más altos en la microflora rectal. La abundancia de bacterias no identificadas se redujo significativamente en el grupo HMet en comparación con el grupo CON. Basado en los resultados del análisis de coordenadas principales (PCoA) y el análisis de Adonis, hubo una diferencia significativa en la composición de la flora intestinal entre los grupos CON y HMet (< 0.05). A nivel de género, en comparación con el grupo CON, la abundancia de y en el grupo LMet aumentó significativamente (< 0.05), la abundancia de en el grupo HMet disminuyó significativamente (< 0.05) y la abundancia de , y aumentó significativamente. En conjunto, los resultados mostraron que la suplementación con metionina fue beneficiosa para aumentar la eficiencia de utilización de la alimentación y mejorar la calidad de las astas en ciervos sika, afectando la composición de las bacterias fecales.